随着科研水平的逐步提高，学术论文越来越成为了学者们交流科研成果和思想的主要载体。而随之而来的，就是对学术诚信的不断强调和重视。

在撰写论文的过程中，除了要确保自己的观点准确、清晰，也需要严格遵守学术规范，不得抄袭、篡改他人研究成果。而在提交论文前，最重要的一步就是对其进行查重，以确保论文的独立性和原创性。

对于博士论文来说，查重更加严格，而其中一个重要的问题就是参考文献。许多学者曾经质疑，博士论文查重是否应该包括参考文献，因为参考文献并非作者的原创内容，而是引用他人成果的一种方式。不同的查重系统对于参考文献的处理方式不同，会导致结果差异较大。在一些查重系统中，参考文献被视为论文的一部分，包含在查重范围之内，这种情况下，参考文献的相似度被计入总相似度。而在另一些查重系统中，参考文献被排除在查重范围之外，只考虑正文部分的相似度。总体而言，大多数查重系统都将参考文献列入范围，因此，博士论文查重包括参考文献是非常有必要的。因此，在博士论文写作中，我们应该合理引用参考文献，并在写作过程中注意文献的质量和数量，避免出现抄袭现象。在撰写完毕后，我们应该使用严谨的查重系统来检查论文的相似度，以确保论文的学术规范性和独创性。因此，使用查重系统对于保证论文的质量至关重要，同时也是对学术诚信的一种表现。

然而，在现实中，参考文献同样需要严格遵守学术规范，以确保引用的来源准确、合法。如果博士论文的参考文献存在抄袭等问题，那么这篇论文的独立性和原创性就会受到严重质疑，甚至失去学术价值。

因此，博士论文查重包括参考文献是很有必要的。对于查重系统来说，可以通过对参考文献进行单独的比对，来确保它们的来源是合法的。同时，也可以对参考文献的引用方式和格式进行检查，以避免遗漏或错误的引用。

综上所述，博士论文查重包括参考文献是必要的，这有助于确保论文的独立性和原创性，也有助于维护学术规范和诚信。在撰写和提交博士论文时，作者应该时刻谨记这一点，才能真正合格地完成自己的学术使命。