论文查重系统通常会对论文的多个部分进行查重，以确保论文的原创性和学术诚信。

正文是论文的主体部分，也是必查部分。正文包含了研究的具体内容、方法、实验数据和结果分析等。查重系统会详细检查这部分内容，查找与其他文献的相似或重复之处。

其次是摘要和关键词。这部分是论文的简要概述和核心内容的提炼，因此也是查重的重点之一。而引言部分介绍了研究背景、目的和意义，而结论部分总结了研究成果和贡献。这两部分都是论文的重要组成部分，因此也会被查重系统关注。

虽然参考文献本身通常不会被计入重复率，但查重系统会检查论文中引用的文献是否与其他文献存在重复引用的情况，以及是否存在不当引用或未标注引用的情况。

如果论文中包含了图表和公式，查重系统也会对这些内容进行查重。虽然图表和公式的表现形式可能有所差异，但如果其内容或数据与其他文献存在相似或重复，也可能被系统识别出来。

需要注意的是，不同的查重系统可能具有不同的查重算法和规则，因此具体查重的范围和精度可能会有所不同。此外，有些学校或机构可能还会有特定的查重要求和标准，因此在提交论文之前，最好先了解清楚相关的要求和规定。

虽然查重系统可以帮助识别论文中的重复和相似内容，但它并不能完全替代人工审稿和学术评价。因此，在撰写论文时，仍然需要注重学术诚信和原创性，避免抄袭和剽窃等行为的发生。