论文查重系统的收费方式主要有两种：按次数收费和按字数收费。

首先，按次数收费是指用户购买一定次数的查重服务，无论查重的字数多少，都只需支付固定的费用。这种方式适合于只需要查重一次或几次的学生或研究者。例如，一些查重平台会提供1次、3次、5次等不同次数的查重套餐，用户可以根据自己的需求选择购买。

其次，按字数收费是指用户根据自己论文的字数支付相应的费用。这种方式适合于需要多次查重或字数较多的论文。一般来说，查重平台会根据每千字或每万字设定一个价格，用户只需根据自己论文的字数乘以相应的价格即可得到总的查重费用。例如，如果某个平台的收费标准是1.5元/千字，那么一篇10000字的文章就需要支付15元。

除了以上两种主要的收费方式，一些查重平台还可能提供其他附加服务，如降重指导、查重报告解读等，这些服务可能需要额外支付费用。

需要注意的是，不同查重平台的收费标准可能会有所不同，用户在选择时应根据自己的需求和预算进行选择。此外，一些查重平台可能会提供折扣或优惠活动，用户可以关注相关信息以节省费用。