本科毕业论文初稿完全可以使用知网分解小论文查重服务进行查重检测。知网小分解主要适用于专科、本科、硕士、博士论文初稿阶段的查重，特点是费用相对较低，且包含多个大型学术数据库资源用于比对。

不过需要注意的是，知网分解服务相比本科毕业论文专用的PMLC查重系统，可能缺少“大学生论文联合比对库”，这意味着定稿前最好使用与学校一致的查重系统（如知网PMLC）进行最终检测，以确保结果与学校官方查重的一致性。

总结起来，初稿阶段，知网分解系统、paperfree、papertime免费查重系统都可用于初步检测论文重复率，便于修改和降重。不过，考虑到知网小分解服务的局限性，定稿前应使用包括大学生论文联合比对库在内的完整查重系统再次检查，以确保通过学校的查重要求。所以，在保证论文安全的前提下，合理利用知网分解系统作为初稿查重工具是一个经济而实用的选择。同时务必关注学校的具体规定，并在定稿阶段采用校方推荐或指定的查重系统。

因此，在毕业论文初稿阶段，可以使用知网分解小论文查重系统进行查重，以获取较为准确的查重结果，并根据结果进行修改和优化。但在提交最终定稿前，应使用更全面的查重检测系统再次进行查重，以确保论文的原创性和学术性。